Sau năm 1975, Lê Lai là một xã thuộc huyện Thạch An.

Ngày 11 tháng 8 năm 1999, tách 318,3 ha diện tích tự nhiên và 1.112 người của xã Lê Lai để thành lập thị trấn Đông Khê.[1]

Đến năm 2019, xã Lê Lai được chia thành 14 xóm: Bó Pha, Bản Căm, Bản Dăm, Lũng Buốt, Lũng Mòn, Lũng Slượi, Nà Cốc, Nà Danh, Nà Keng, Nà Lình, Nà Ngài, Nà Sloòng, Nà Vàng, Pú Nho.

Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập một phần xóm Bó Pha vào xóm Bản Căm, sáp nhập xóm Lũng Buốt vào xóm Nà Sloòng, sáp nhập hai xóm Bản Dăm và Pú Nho thành xóm Tân Việt, sáp nhập xóm Nà Vàng vào xóm Nà Cốc, sáp nhập hai xóm Lũng Mòn, Lũng Slượi và phần còn lại của xóm Bó Pha thành xóm Độc Lập.[3]